История Ботанического сада ИГУ начинается 8 октября 1940 года, когда исполком горсовета принял решение об отводе под Ботанический сад 18 гектаров земли, предоставив право Иркутскому государственному университету на освоение этого участка. Первым директором Ботанического сада ИГУ был назначен Павел Иванович Малиновский.
Иркутский государственный университет приступил к составлению генерального плана, разбивки всей отведенной под ботанический сад площади и уже 29 ноября 1940 года был предоставлен проект генерального плана.
В годы Великой Отечественной войны Ботанический сад служил продовольственной базой для профессорско-преподавательского состава ИГУ. На территории БС отводилось не менее 2 га под огородные культуры для столовой ИГУ.
